Zum Schutze der Biju-Geister wurde beschlossen, die letzten beiden Jinchuriki Naruto und Killer B auf die geheime Insel Shimagame zu schicken, wo sie sicher vor den Angriffen Akatsukis sind. Naruto wird deshalb zusammen mit Yamato, Guy und Aoba auf eine geheime Mission der Klasse S geschickt, um zu verhindern, dass Naruto am vierten Ninjaweltkrieg teilnimmt. Doch die Reise ist schwerer als gedacht, denn es liegen viele Meilen zur See in unbekannten und feindlichem Terrain vor Ihnen.